Το έδαφος του κήπου συμπεριφέρεται σαν μια ζωντανή οντότητα η οποία συνεχώς μεταβάλλεται από την επίδραση φυσικοχημικών παραγόντων όπως είναι το φως, το νερό, ο αέρας, η θερμοκρασία, οι χημικές ουσίες κλπ. και διάφορων βιολογικών παραγόντων όπως είναι τα έντομα, οι μύκητες, τα βακτήρια κλπ.
Από τους βιολογικούς παράγοντες τεράστια σημασία έχουν οι μικροοργανισμοί. Οι ωφέλιμοι μικροοργανισμοί κατά κανόνα εντοπίζονται στα επιφανειακά στρώματα του.
Οι ωφέλιμοι μεταξύ άλλων μπορούν κυρίως να:
- Δημιουργούν οργανική ουσία και χούμο που βελτιώνει τη γονιμότητα του εδάφους
- Προσλαμβάνουν υλικά του εδάφους και να τα μετατρέπουν σε αφομοιώσιμες ουσίες από τις ρίζες
- Οργανισμοί όπως οι γαιοσκώληκες ανοίγουν στοές στο χώμα βελτιώνοντας τον αερισμό και αποστράγγισή του, ψιλοχωματίζουν και αφρατοποιούν το έδαφος